El Museo fue fundado en 1956, aunque remodelado y reinaugurado en 1990. La portada plateresca es original del edificio, construido en el siglo XVI, al igual que el interior de la capilla. El resto se remodeló para conseguir espacio, 7.700 metros cuadrados que se reparten en cuatro plantas y un sótano.

Su visita permite acercarse a la cultura y la historia de Navarra. El vestíbulo, organizado como un amplio espacio de acogida, el salón de actos, con aforo para 180 personas, la terraza, con inmejorables vistas, ofrecen espacios actuales que propician el intercambio de conocimientos y experiencias.

Se exhiben hallazgos paleolíticos y de la Edad de Hierro de la Comunidad Foral, muestras artísticas de la Navarra romana, prerrománica, románica y musulmana, muestras de arte gótico y renacentista, pintura española y extranjera de los siglos XVII y XVIII, obras de Francisco de Goya y pintura navarra de los siglos XIX y XX.

En cuanto a las obras de mayor interés artístico, destacan el retrato del marqués de San Adrián de Goya; una arqueta hispano-musulmana de marfil, capiteles románicos y el impresionante mosaico que cubría el suelo de una habitación de la villa romana de Ramalote (Tudela), además de los fondos arqueológicos y medievales procedentes de toda la región.